La pandémie vue par Darwin: «Les virus courent plus vite que nous»

Cet article de Telmo Pievani est paru sur Heidi.news le 14 septembre 2020

La pandémie de Covid-19 a été discutée sous de multiples perspectives  – épidémiologique bien sûr, clinique, sanitaire, social, politique… –, mais toutes se fondent sur le présent immédiat. Il manque une vision fondée sur le long terme, que seul peut nous donner un prisme évolutionniste. En voici une ébauche.

Environ 20 % de l’ADN humain provient des virus. Rien n’est pur en biologie, heureusement, et notre génome pas plus que le reste. Cela signifie que nos ancêtres, depuis que nous sommes apparus en Afrique il y a environ 200 millénaires, ont survécu à de nombreuses pandémies. Car tout cela est une vieille histoire, et Covid-19 vient de loin.

En biologie de l’évolution, on a recours à une métaphore pour expliquer les relations entre les agents pathogènes et leurs hôtes: celle de la reine rouge de Lewis Carroll. Comme la reine rouge avec Alice, nous devons courir de plus en plus vite pour ne pas perdre pied sur un terrain en constante évolution. L’évolution est un jeu continu de mouvements et de ripostes, de défis et de réactions à ces défis, d’adaptations et de co-adaptations. Le risque, dans cette course aux armements, est que l’hôte soit toujours un peu à la traîne sur les agents pathogènes, qui changent plus vite et se diversifient mieux.

L’amour, comme la guerre, se fait à deux. Nous devons faire preuve d’une grande prudence avec les virus comme celui Covid-19, pour au moins quatre raisons ayant trait à l’évolution:

• Les virus à ARN sont beaucoup plus anciens que nous, ils parcourent la planète depuis au moins trois milliards d’années alors que nous sommes une très jeune espèce africaine. Depuis des milliards d’années, les virus ont développé des stratégies pour infecter d’abord les bactéries, puis les plantes et les animaux multicellulaires.

• Les virus respectent et obéissent à une logique simple: faire des copies d’eux-mêmes en utilisant les cellules des autres comme véhicules de diffusion. Ce sont des réplicateurs assez parfaits, avec une structure simple (un brin d’ARN entouré d’une capsule de protéines) qui minimise les ressources et les coûts pour maximiser les bénéfices d’un point de vue darwinien.

• Les virus, en particulier les virus à ARN, mutent beaucoup plus vite que nous, car l’ARN est un acide nucléique instable. Celui de Covid-19 change assez peu car il possède un mécanisme efficace de correction des mutations, mais il est né d’une recombinaison génétique entre un virus de chauve-souris et celui d’un hôte intermédiaire, peut-être le pangolin. Quoi qu’il en soit, les virus courent plus vite que nous.

• Enfin, Homo sapiens, en tant que mammifère social et mobile, est un excellent hôte pour les virus, tout comme les chauves-souris. Du fait de notre diversité génétique individuelle, qui est notre meilleure défense évolutive, Covid-19 nous affecte avec des conséquences très variables, qui vont de la maladie bénigne au décès. Mais cette stratégie évolutive reste payante: les hôtes avec peu de symptômes propagent mieux et plus longtemps le virus que des patients graves, vite isolés en soins intensifs.

Il y a une cinquième raison, plus récente au plan évolutif, qui s’ajoute au tableau. Lorsque la grippe espagnole a frappé l’humanité il y a de cela un siècle, nous étions environ deux milliards d’êtres humains sur Terre. Nous sommes aujourd’hui presque quatre fois plus et nous voyageons entassés dans des trains, des bateaux, des avions. Comme nous, les virus ont désormais ont des ailes.

L’homme, meilleur allié des virus. Enfin, et c’est le point le plus critique, l’Homo qu’on dit sapiens a développé des comportements qui aident les virus à franchir la barrière des espèces et provoquer des zoonoses:

• La déforestation croissante, la dévastation et la réduction des habitats d’animaux qui sont des réservoirs de virus capables de se transmettre à l’homme, dans toute la ceinture équatoriale et tropicale.

• Le braconnage et le commerce illégal d’animaux exotiques, quatrième trafic illégal dans le monde selon Interpol, après les drogues, les armes et les êtres humains.

• Le transport et le regroupement d’animaux sauvages dans des marchés au vif, dans des conditions d’hygiène minimales, pour servir de nourriture ou de remède traditionnel sur la base de superstitions sans fondement scientifique.

Nous sommes donc devenus un hôte parfait pour les virus et, en outre, nous faisons de notre mieux pour les aider. Nous sommes devenus les meilleurs alliés des virus. C’est illogique à tous points de vue, y compris au plan économique, car les coûts d’une pandémie comme Covid-19 dépassent de loin les gains illégaux et légaux que nous pourrions tirer de l’exploitation des écosystèmes et des animaux.

Covid-19 et la crise écologique. C’est l’angle mort du débat public sur Covid-19: la matrice écologique qui voit naître les pandémies, qui ne sont qu’un chapitre dans l’histoire de la crise environnementale et de ses répercussions.

En biologie de l’évolution, nous avons un nom pour ce processus: la construction de niches. Certains organismes dans la nature développent une stratégie active d’adaptation. Ils ne se limitent pas à répondre aux défis que leur pose leur environnement, mais modifient celui-ci pour l’adapter à leur survie et à leur reproduction. Les galeries des vers de terre, étudiées par Darwin dans le merveilleux livre qu’il écrivit un an avant sa mort, et les barrages de castors, en sont deux exemples célèbres. En modifiant et en bâtissant leurs niches écologiques, ces espèces transmettent à leur progéniture leurs gènes, leurs innovations (l’évolution est aussi culturelle), mais aussi les changements écologiques qu’elles ont elles-mêmes provoqués.

Quel est le rapport entre la construction de niches et Covid19 et la crise environnementale? Nous, Homo sapiens, sommes les constructeurs de niches par excellence. Depuis des millénaires, nous changeons le monde pour l’adapter à nos besoins, ou le rendre moins hostile.  Nous léguons à nos descendants des gènes, des idées et des perturbations écologiques. Le changement climatique, par exemple, est une construction de niche à l’échelle du globe: nous devons désormais nous adapter à un environnement que nos prédécesseurs et nous avons délibérément modifié. Il s’agit d’un processus récursif.

Jusqu’à présent, l’exploitation de l’environnement nous a apporté un grand essor démographique et une croissance économique. Mais la construction de niches est un jeu dangereux. Il peut nous conduire dans un piège évolutif, car les changements introduits par une génération peuvent avoir un coût inattendu pour celle qui suit. Plus vite nous changeons notre environnement, plus nous devons nous adapter en retour. La crise environnementale et ses conséquences, des tempêtes aux pandémies, est précisément cela: l’addition à payer pour nos réussites en tant que constructeurs de niche.

En bref, nous sommes une reine rouge qui doit courir de plus en plus vite parce qu’elle-même modifie son environnement de plus en plus radicalement.

Quelques leçons pour la reine. Il y a des leçons à tirer de ce concept de construction de niche. La première est que lorsqu’une pandémie nous frappe, nous devons agir à la fois sur ses causes immédiates –  via le système de santé, les vaccins et autres fruits de la recherche biomédicale – mais aussi sur ses causes lointaines, ces facteurs écologiques fondamentaux qui rendent la prochaine pandémie si ce n’est inévitable, du moins probable.

Deuxième leçon: saisir la logique évolutive à l’œuvre dans cette crise nous aide à comprendre notre ennemi et identifier ses faiblesses. Les virus ont quatre ennemis principaux:

1. l’hygiène et les comportements sociaux;

2. la justice sociale et l’accès universel à la santé;

3. la défense urgente de l’environnement et la conservation des espèces;

4. et la recherche scientifique, dont l’importance n’est pas limitée aux temps de crise.

L’aventure humaine a montré que les virus sont plus efficaces que nous dans ce jeu darwinien qu’est l’existence, que nous sommes vulnérables, que nous sommes intimement connectés au reste de la biosphère et que nous ne sommes pas indispensables pour la biosphère. C’est la leçon la plus importante de tout cela: la nécessité d’une humilité évolutive.